A fiatfalvi unitárius egyházközség kezdete az adatok hiányossága miatt nem áll egészen tisztán előttünk. Összevetve a forrásokat, elmondható az, hogy léte valószínűleg az unitárius reformáció kibontakozásával kezdődött, vagyis 1568 körül. 1568 márciusában Gyulafehérváron Dávid Ferenc és Méliusz Péter táborai közt hitvita folyt, melynek jegyzője Marosi Synnig János, Dávid Ferenc barátja. Ő székelykeresztúri pap volt, annak az egyházközségnek a lelkésze, amely Dávid Ferenc hitét vallotta.

Mivel Keresztúr papja egy jelentős antitrinitárius személy, s a XVI. század második felében Fiatfalva a környező településekkel együtt Keresztúr filiája volt, bátran kimondható az, hogy a falu népe már korán a Keresztúr és papja hitére, tehát Dávid Ferenc hitére tért át a katolikus hitről.

Ürmösi Sándor fiatfalvi lelkész a templom 1893-ban történt javítása anyagrendeléses jegyzőkönyve hátulsó lapjára ezt írta: „Régi jegyzőkönyvek alapján kitűnik, hogy a község szabad székely lakói a reformáció terjedése közben római katolikus vallásról az unitárius hitre tértek.”

A XVI. századból nincs több adatunk. A továbbiakban az első konkrét adat 1630-ból való. Ebben az évben a keresztúri reformátusok egy kérést adtak be a fejedelemhez, melyben javasolták, hogy a keresztúri unitáriusok járjanak le Fiatfalvára, mivel ott az unitáriusoknak van templomuk, a fiatfalvi reformátusok pedig, akiknek nincs templomuk, járhatnának Keresztúrra, mert Fialfalvát és Keresztúrt csak a Küküllő választja el. Tény, hogy 1630-ban itt már unitárius templom van. Dávid László szerint a „templom eredetében középkori” de továbbit ő sem tud mondani.

A következő konkrét adat az ónkanna felirata: „FIATF: UNITÁR: ECCLA: POHÁRA.1694”